O programa possui uma Secretaria do curso, responsável pela matricula, registro e acompanhamento pedagógico dos estudantes localizada no térreo da ESCS, junto com os demais cursos de Pós-Graduação stricto sensu da instituição. A certificação dos estudantes é realizada pela Secretaria de Assuntos Acadêmicos (SAA).

Possui salas de aulas da ESCS e também das demais mantidas da FEPECS (ETESB e EAPSUS). Para realização de eventos, conta com um pequeno auditório com capacidade para 100 participantes e um grande auditório com capacidade para 250 participantes. A instituição também possui um Laboratório de informática com 20 computadores disponíveis para aulas e mais 17 computadores disponíveis na biblioteca para uso pelos estudantes para pesquisas em bases de dados.

O mestrado profissional está sediado dentro da Secretaria de Estado de Saúde do Distrito Federal. Em 2018 existiam 7962 leitos disponíveis, dos quais 4482 (56,2%) são leitos do SUS-DF, pertencentes a 16 hospitais. A Atenção Primária à Saúde é desenvolvida em 168 Unidades Básicas de Saúde, com 540 equipes de Estratégia de Saúde da Família, cuja cobertura atinge mais de 2 (dois) milhões de habitantes (68% da população residente). Incluem-se outras 06 (seis) Unidade de Pronto Atendimento e 14 (quatorze) laboratórios regionais, entre outros pontos de atenção, além das unidades vinculadas tais como: Fundação Hemocentro, Laboratório Central, a Fundação de Ensino e Pesquisa em Ciências da Saúde e o Conselho de Saúde do Distrito Federal. 

A ESCS possui um Núcleo de Evidência (NEv) que está integrado à Rede para Políticas Informadas por Evidências – EVIPNet Brasil, da Coordenação-Geral de Gestão do Conhecimento (CGGC), do Departamento de Ciência e Tecnologia (DECIT), da Secretaria de Ciência, Tecnologia e Insumos Estratégicos (SCTIE), do Ministério da Saúde (MS).